Pada 29 April 2008, media Belanda melaporkan Kluivert akan mengambil kursus kejurulatihan di Persatuan Bola Sepak Diraja Belanda (KNVB) untuk menjadi seorang jurulatih bola sepak profesional.[2] Pada 18 Julai 2008, laman web bola sepak Goal.com melaporkan Kluivert akan termasuk dalam kakitangan kejurulatihan bagi kelab AZ untuk musim 2008-09. Kemudian dalam satu pertemuan dengan Soccer AM, Kluivert mendedahkan peranannya termasuklah melatih pemain penyerang AZ.

Pada Januari 2010, Kluivert mengambil alih jawatan sebagai pembantu jurulatih kelab Austaralia, Brisbane Roar FC di bawah ketua jurulatih Ange Postecoglou.[3] Bermula Ogos 2010, beliau mula menjadi pembantu jurulatih NEC dengan mengendali penyerang pasukan. Pada musim 2011-12, beliau menjadi jurulatih pasukan remaja FC Twente dan turut mengendali Jong FC Twente untuk merangkul kejuaraan Beloften Eredivisie.

Pada Ogos 2012, Kluivert sertai kakitangan kejurulatihan pasukan kebangsaan Belanda di bawah ketua jurulatih Louis van Gaal. Kluivert bersama Belanda berjaya meraih tempat ketiga dalam kempen Piala Dunia 2014.

Pada 5 Mac 2015, Kluivert menjadi pengurus pasukan bola sepak kebangsaan Curaçao untuk kempen kelayakan Piala Dunia FIFA 2018. Curaçao mara ke pusingan kelayakan seterusnya selepas mengetepikan Montserrat dan Cuba. Pada 8 September 2015, Curaçao tersingkir pada kelayakan pusingan ketiga oleh El Salvador menerusi agregat 2-0.[4] Selepas membantu pasukannya ke tahap terbaik dalam kempen kelayakan Piala Dunia, Kluivert mengumumkan beliau akan tamat menjadi jurulatih pasukan itu pada 10 September 2015. Sementara itu, beliau sentiasa menjadi penasihat rapat kepada Persekutuan Bola Sepak Curaçao.[5]

Pada 24 Februari 2016, Kluivert mengumumkan keputusannya untuk kekal sebagai ketua jurulatih Curaçao bagi menghadapi saingan kelayakan Piala Caribbean menentang Republik Dominika dan Barbados. Pada 2 Mei 2016, ia diumumkan Kluivert akan mengambil alih jawatan ketua jurulatih Ajax A1 (under-19) bagi musim 2016-17 dan dilihat beliau akan mengendali anak lelakinya, Justin Kluivert.[6]

Selepas pengumumkan dibuat iaitu beliau akan menyertai Ajax, Kluivertt kekal menjadi ketua jurulatih Curaçao bagi pusingan kedua kelayakan Piala Caribbean menentang Guyana dan Kepulauan Virgin A.S.. Curaçao berjaya menewaskan kedua-dua lawan tersebut. Pada 14 Julai 2016, Kluivert diumumkan tidak lagi menjadi jurulatih bawah-19 Ajax selepas beliau sebaliknya menjadi direktor bola sepak bagi kelab gergasi Perancis, Paris Saint-Germain. Beliau melahirkan hasrat untuk kekal di Ajax tetapi beliau tidak boleh menolak tawaran dibuat PSG.